Heize den Backofen auf 180 °C Ober- und Unterhitze vor. Fette eine Auflaufform mit etwas Öl ein.
Wasche die Zucchini und schneide sie in ca. 0,5 cm dicke Scheiben. Lege sie auf ein Küchenpapier und salze sie leicht, damit überschüssige Flüssigkeit austreten kann.
Schäle Zwiebel und den Knoblauch. Hacke beides fein. Erhitze Olivenöl in einer Pfanne und dünste beides darin glasig an.
Gib das Hackfleisch dazu und brate es kräftig an, bis es krümelig wird.
Rühre Tomatenmark ein und lösche mit den stückigen Tomaten ab. Würze alles mit Oregano, Thymian, Zimt, Salz und Pfeffer. Lass die Soße dann ca. 10 Minuten köcheln.
Schmilz die Butter in einem Topf und rühre das Mehl ein, bis eine glatte Masse entsteht. Gieße unter ständigem Rühren nach und nach die Milch dazu. Koche die Soße kurz auf und rühre dann das Eigelb sowie 50 Gramm des Käses ein.
Schichte abwechselnd Zucchini, Hackfleischsoße und Béchamelsoße in die Auflaufform. Wiederhole den Vorgang, bis alles aufgebraucht ist und schließe mit Béchamel und dem restlichen Käse ab.
Backe das Zucchini-Moussaka rund 40 Minuten, bis es goldbraun und knusprig ist.